هناك نوع من الاضطهاد في العالم الإسلامي يحدث من خلال الهياكل الكنسية وتعاون الدولة. إنه عندما ينتهي الأمر بالقادة المسيحيين ، الذين يريدون حماية مناصبهم أو البقاء في وضع جيد مع الحكومة ، إلى خدمة نفس الأجندة الإسلامية التي تبقي المسيحية ضعيفة. في الأردن، تم ترحيل المبشرين البروتستانت الأمريكيين أكثر من مرة لأن "الكنيسة الرسمية" طلبت من السلطات التحرك. يقدم التسلسل الهرمي الأرثوذكسي ، المعترف به من قبل الدولة ، الشكوى ، وفي غضون أيام يتم طرد المبشرين. ليس على الحكومة تبرير ذلك. يمكنهم ببساطة أن يقولوا ، "طلبت الكنيسة ذلك". نفس الشيء يحدث في مصر. يلجأ قادة الكنيسة الإنجيلية إلى السلطات لإغلاق الكنائس المستقلة. في كلتا الحالتين ، تتصرف الدولة بسرعة ، وكل شخص معني محمي من اللوم لأن الأمر جاء من "الكنيسة".